可以与这种威胁进行对抗的，只有被称为“舰娘”的继承了存活舰艇之魂的女孩们。对抗深海栖舰的舰队据点就是“镇守府”。那里汇聚了形形色色的舰娘，她们每天都在那里切磋训练，那里是大家共同生之地。